Vương Doãn bổ nhiệm Lã Bố làm Phấn vũ tướng quân (奮威將軍). Hiến Đế ban cho Bố giả tiết, nghi trượng (như ngôi Tam công), tước Ôn hầu (溫侯), cùng Doãn nắm quyền triều chính.

Vương Doãn sai Lã Bố đi đánh dẹp con rể Đổng Trác là Ngưu Phụ đang hoành hành, chém giết nhân dân vô tội ở Trần Lưu. Lã Bố sai Lý Túc đi đánh, nhưng Túc thua trận chạy về, Bố bèn giết Túc. Ngưu Phụ thắng trận nhưng bị thủ hạ là Hồ Diệc Nhi giết chết, mang đầu đến Trường An nộp cho Vương Doãn. Bố giết luôn Hồ Diệc Nhi.

Ba bộ tướng của Ngưu Phụ là Lý Thôi, Quách Dĩ và Trương Tế cầu khẩn Vương Doãn tha tội theo Đổng Trác. Trước đó Lý Thôi và Quách Dĩ đã sát hại vài trăm người Tịnh Châu - đồng hương với Vương Doãn và Lã Bố - ở trong vùng đất mình cai quản. Vì vậy Vương Doãn không đồng ý xá tội cho chúng. Thôi, Dĩ bèn cất quân Lương Châu nổi dậy báo thù, quân tập hợp dần dần được hơn 10 vạn, tấn công Trường An.

Quyết đấu Quách Dĩ, thua bỏ Trường An

Anh hùng ký của Vương Xán chép: Quách Dĩ ở phía bắc thành. Lã Bố mở rộng cửa thành, dẫn binh tới chỗ Dĩ, nói: "Ngươi hãy tạm lui binh, chỉ mình ta và ngươi quyết thắng phụ". Dĩ và Bố bèn đơn đả độc đấu, Lã Bố dùng mâu đâm trúng người Dĩ, quân kỵ của Dĩ ở phía sau liền tiến ra cứu Dĩ, Dĩ và Lã Bố hai bên đều bãi binh.(Đây là một trong 2 cuộc đấu tay đôi giữa các tướng thời Tam quốc được ghi chép trong sử sách, trận đấu còn lại là giữa Tôn Sách và Thái Sử Từ.)

Trường An bị quân Lương châu bao vây. Lã Bố chống cự trong 8 ngày, cuối cùng không giữ nổi. Lý Thôi thúc quân tràn vào thành. Lã Bố kịch chiến với quân Lý Thôi trên đường phố trong thành cũng không lại, phải bỏ thành chạy. Vương Doãn bị giết. Lã Bố mang theo thủ cấp của Đổng Trác, dẫn vài trăm quân kỵ chạy qua cửa Vũ Quan về phía đông.

Lã Bố và Vương Doãn sau khi giết Đổng Trác, tính ra chỉ nắm quyền triều chính được khoản sáu tuần.